第8章 tools

8.1 git 和 github

push到github的时候每次都需要输入用户名密码

首先，克隆到本地的时候选择ssh方式

git clone git@github.com:<repo>

## 如果本地已经选择https方式克隆，可以先删除原来的远程仓库，重新添加
## ssh方式
# 查看本地clone方式
git remote -v 
# 删除远程仓库
git remote rm origin
# 重新添加
git remote add origin git@github.com:<repo>

然后本地生成ssh密匙添加至github账户，获得访问github权限,详细步骤参考这里

# 一路回车，在~/.ssh文件夹下生成了id_rsa文件
ssh-keygen -t rsa -C "<github账户邮箱"
# 拷贝~/.ssh/id_rsa.pub到github账户进行设置

最后push即可

git push --set-upstream origin master

修改commit的message

# 想要修改的commit的父提交hash值
git rebase -i <commit_hash>
  
# 修改要修改message行首的pick为r(reword)，然后修改该条message，保存退出即可
  
# 如果同时修改github仓库的commit，强制push即可
git push -f

显示某一次提交中某个文件的变化

git log <commit_hash> <file_name>

删除远程仓库(如github)的错误提交，在本地处理好之后，如删除错误提交，然后强制push到远程进行修改

git push --force

删除远程分支

git push origin --delete <remote_branch>

修改本地仓库关联的远程仓库，提交修改至另一个远程仓库
```
git remote set-url origin https://github.com/yiluheihei/beginr.git
```

删除本地 untracted files

# 查看哪些文件将被删除
git clean -n 

# 删除文件
git clean -f

# 删除文件和文件夹
git clean -f -d

# 删除 ignore 的文件
git clean -f -X

# 删除 ignore 和非 ignore 文件
git clean -f -x

unstage git add的文件
```
git reset HEAD <file>
```

忽略本地文件修改

# 若文件状态为unstage
git checkout <file>

# 若文件已经通过`git add` stage，首先文件状态修改为unstage
git reset HEAD <file>
git checkout <file>

拉取远程分支时保持本地修改

# 备份当前工作区内容，从最近一次提交中读取内容
git stash
# 拉取远程分支内容
git pull <remote branch>
# 从stash中读取备份的内容
git stash pop

远程仓库已经有新的commit，在本地开发的时候没有pull到本地，就直接进行修改并 commit，这时候再push到远程仓库就会提示远程仓库中有本地不存在的commit。这时候就需要在远程仓库基础上merge本地的最新commit
```
# 首先抓取远程仓库数据
git fetch

# 然后在本地分支内，在origin仓库的基础上变基提交，如果没有冲突，则直接基于远程
# 仓库合并了本地提交。如果有冲突，则解决冲突后合并
git rebase origin/master
```
删除已经提交的文件，并添加到ignore

# 从版本控制中的index中删除该文件
git rm -r --cached <file>

# 该文件添加至ignore，然后commit
git commit

恢复已经push到远程仓库的误删的文件

# 找到误删文件的commit
git log --diff-filter=D -- <filename>

# 恢复文件, ~n表示该commit的第n个祖先
git checkout <commit>~1 -- <filename>

查看仓库中代码行数

参考这里

git ls-files | xargs wc -l
# R 代码行数
git ls-files | grep '.R$' | xargs wc -l

windows下命令行git中文显示乱码

设置环境变量LESSCHARSET=utf-8

8.2 hugo

基于hugo采用blogdown建站的时候出现错误panic: BUG: Expected valid escape code after \, but got '\r'.

是由于配置文件config.toml中采用多行字符中"""的换行符引起的\,去掉换行符即可,参考这.

8.3 docker

安装(centos)

curl -sSL get.docker.com  -o  get-docker.sh
# 可选择合适的源
sh get-docker.sh --mirror Aliyun

## 启动docker
sudo systemctl enable docker
sudo systemctl start docker

## docker 默认只能root用户才能运行
## 可以把需要用docker的用户加入docker用户组
sudo usermod -aG dokcer $USER
# 以docker 用户组登入
newgrp docker

docker 配置国内源

参考这,配置文件/etc/docker/daemon.json中加入中科大源。
```
{
  "registry-mirrors": 
    ["https://docker.mirrors.ustc.edu.cn/"]
}
```
然后重启docker服务sudo systemctl restart docker。同时也可以添加阿里云源，方法是注册阿里云开发账户后，访问https://cr.console.aliyun.com/#/accelerator，点击镜像加速器，就看到加速器地址，添加进去即可。

docker 中运行含图形界面的程序

参考这里和这里

# 1. 赋予其他用户访问本机x server的权利
xhost local:root # xhost +

# 挂载 X11 至docker
docker run -v /tmp/.X11-unix:/tmp/.X11-unix -e DISPLAY=unix$DISPLAY <the image>

8.4 conda

设置清华源，参考此

channels:
  - conda-forge
  - bioconda
  - defaults
show_channel_urls: true
channel_alias: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda
default_channels:
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/main
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/r
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/pro
  - https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/msys2
custom_channels:
  conda-forge: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  msys2: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  bioconda: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  menpo: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  pytorch: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud
  simpleitk: https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud

安装 biconda 上的工具的时候，可能出现软件版本冲突错误: UnsatisfiableError: The following specifications were found to be incompatible with each other: Output in format: Requested package -> Available versions.

可能是 conda 中 channels 顺序设置错误，按照 bioconda 文档中建议的顺序(conda-forge > bioconda > defaults)设置. 或参考这里.

Output in format: Requested package -> Available versions

macOS 10.14 Mojave,conda安装包的时候设计到qt就出现错误，如conda-forge::qt-5.9.7-h93ee506_1'. PermissionError(1, 'Operation not permitted')

解决方法在此

# for base:
cd ~/anaconda3/bin
ls *.app
rm -rf *.app
conda update --all --yes

# for some_env:
cd ~/anaconda3/envs/some_env/bin
ls *.app
rm -rf *.app
conda update -n some_env --all --yes

8.5 Zotero

8.5.1 collecions (分类)

Zotero中可以把文献按层次进行分组(或子组)，比如某一个课题或某一篇文章的参考文献归为一个分类。相同文献条目可以划分到不同分类不会重复保存该条目的数据(条目只会保存一次，不同分类下的该条目都指向它)。根目录(My Library)会显示所有条目，在根目录下多次出现的条目才是重复条目。

常用的与分类有关的操作

移动分类，可以在左边面板中利用鼠标拖拽。
分类的排序，默认按字母顺序排列
条目添加到另一个分类，类似于copy，直接鼠标拖拽该条目到另一个分类即可。
条目移动到另一个分类，类似于move，在拖动的时候按住Mac: Cmd或Windows:Shift 键。
删除分类，右键点击删除分类，删除分类及其子分类，但不会删除分类中的条目，条目在根目录下仍存在(点击删除分类及条目删除分类下条目)。
删除分类中的条目
- remove, 在右边面板中选中相应分类下的条目后按Delete删除，或者是点击右键选择从分类中删除条目, 只会删除该分类下的条目，不会删除其他任何分类中相同的条目(如根目录).
- delete, Cmd/Ctrol+delete移动条目到回收站，或点击右键移动条目至回收站。
查看条目在哪些分类中，选中条目后，按住Mac:Option/Windows:Control/Linux:Alt，一定时间后左侧面板中含有该条目的分类会高亮显示。

Zotero自带特殊分类

重复条目(Duplicated Items), 重复的条目可以帮助我们合并重复条目。
未分类条目(Unfiled Items), 没有在任何分类中(比如位于根目录下)
回收站(Trash), 类似于电脑的回收站，可以重新恢复相应条目、永久删除条目等。项目默认30天后删除。

此外，子分类中的条目默认不会显示在父分类中，可以通过设置高级(Advanced Pane) -> 设置编辑器(Config Editor), 把extensions.zotero.recursiveCollections设置为True`

8.5.2 合并重复条目

重复条目分类中列出了相应Library下的重复条目。合并重复条目(不是删除重复条目)，这样可以保证条目所有的分类和标签都能保留，而删除重复条目可能删除相应的信息，并且 word插件也会自动识别合并。

在重复条目分类中选中相应的重复条目，然后在右侧面板中进行合并即可。也可以在相应的分类中选择相同的条目点击右键合并条目。

8.6 VSCode

8.6.1 python

python代码块有空行的时候，通过REPL运行的时候会出现缩进错误，这是因为空行中没有缩进，设置editor.trimAutoWhitespace": false.