第4章生物信息

4.1 微生物组

1. Ubuntu 20.04 安装 qiime1

直接按文档中所说 conda create -n qiime1 python=2.7 qiime matplotlib=1.4.3 mock nose -c bioconda 出现错误 PackagesNotFoundError matplotlib=1.4.3

解决办法是创建新的 conda 环境 qiime1, conda create -n qiime1 python=2.7, 然后用 pip 手动安装 matplotlib 及其他的 python 模块

# 1 安装matplotlib==1.4.3的时候，出现错误 "The following required packages can
# not be built: * freetype", pip 不能安装系统依赖，手动安装系统依赖后然后安装
sudo apt-get install libfreetype6-dev libxft-dev
pip install matplotlib==1.4.3

# 2 qiime中要求biom-format>=2.1.4,<2.2.0,但是目前版本不支持python 2.7
# 手动安装2.1.4版本
pip install biom-format==2.1.4

# 3 最后安装qiime
pip install qiime

# 检测安装是否成功
print_qiime_config.py -t

pick otu 或者嵌合体识别 (chimera) 可用 usearch61 方法, 安装 usearch步骤为

下载解压后, 拷贝到 /usr/local/bin/ 然后赋予执行权限:

sudo mv usearch* /usr/local/bin/usearch61
# 添加权限
chmod a+x /usr/local/bin/usearch61

2. ubuntu 20.04 安装 picrust1

按照文档中说的conda create -n picrust1 -c bioconda -c conda-forge picrust 安装出现错误 failed with repodata from current_repodata.json。

只使用 bioconda可正常安装, conda create -n picrust1 -c bioconda picrust.

3. mac安装 lefse

通过homebrew安装lefse已经不再维护brew install biobakery/biobakery/lefse;采用conda安装(目前biobakery下的软件都用conda源安装)

conda config --add channels biobakery
conda install -c biobakery lefse

4. Q: 本地测试qiime1脚本时，安装完依赖后，运行脚本，pycharm 导入 matplotlib.pyplot 出现错误 `from urllib.parse import urlencode ImportError: No module named parse`

pycharm中设置 Preferences -> Tools -> Python Scientific取消勾选Show plots in tool window，答案见此

4.1.0.0.1 5. Q: phyloseq 中 `distance()` 或 `ordinate()` (调用 `distance()`) 基于树计算距离的时候(如 `unifrac`), 出现 `Warning message: In matrix(tree$edge[order(tree$edge[, 1]), ][, 2], byrow = TRUE, : data length [86515] is not a sub-multiple or multiple of the number of rows [43258]`

原因是因为对 OTU 进行质控的时候 (如删除丰度较低的 OTU)，原因是树不是二分树，解决办法是转化为二分树。参考这里

new_tre <- ape::multi2di(phy_tree(ps))
phy_tree(ps) <- new_tre

4.2 scRNA-seq

安装velocyto.R.

clang: error: unsupported option '-fopenmp'

mac下clang不支持openmp，解决方法参考此处，安装支持openmp的clang. 然后修改配置文件，在~/.R/Makevars(配置compliers和library)，添加

CC=/usr/local/clang7/bin/clang
SHLIB_CXXLD=/usr/local/clang7/bin/clang++
CXX= /usr/local/clang7/bin/clang++  -Wall
CXX1X= /usr/local/clang7/bin/clang++
CXX98= /usr/local/clang7/bin/clang++
CXX11= /usr/local/clang7/bin/clang++
CXX14= /usr/local/clang7/bin/clang++
CXX17= /usr/local/clang7/bin/clang++
LDFLAGS=-L/usr/local/clang7/lib

library not found for -lboost_filesystem

安装 boost brew install boost

library not found for -lgfortran

gfortran包含在gcc中，但是电脑中gcc是通过homebrew安装，原始配置文件/Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf中并没有更新库的地址，在~/.R/Makevars中手动添加即可

# 通过homebrew安装的gcc地址
FLIBS = -L/usr/local/lib/gcc/8/gcc/x86_64-apple-darwin17.5.0/8.1.0 -L/usr/local/lib/gcc/8 -lgfortran -lquadmath -lm
# Library/Frameworks/R.framework/Resources/etc/Makeconf中的原始配置
# FLIBS =  -L/usr/local/gfortran/lib/gcc/x86_64-apple-darwin15/6.1.0 -L/usr/local/gfortran/lib -lgfortran -lquadmath -lm

安装velocyto.py

mac 在 pip 安装的时候gcc编译出现错误，建议使用conda安装conda install velocyto.py

4.3 RNA structure

本节记录在 RNA 结构生物信息学分析中的一些问题，如 RNA 二级结构预测。

4.3.1 软件安装

二级结构预测

CONTRAfold, 按照帮助手册make的时候出现错误

LBFGS.ipp:110:33: error: ‘DoLineSearch’ was not declared in this scope, and no declarations were found by argument-dependent lookup at the point of instantiation [-fpermissive]
       Real step = DoLineSearch(x[k%2], f[k%2], g[k%2], d,
                   ~~~~~~~~~~~~^~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
                                x[(k+1)%2], f[(k+1)%2], g[(k+1)%2],
                                ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
                                Real(0), std::min(Real(10), MAX_STEP_NORM / std::max(Real(1), Norm(d))));

解决办法(见这里)：

Makefile中添加 -fpermissive 选项至 CSXXFLAGS:

CXXFLAGS = -O3 -DNDEBUG -W -pipe -Wundef -Winline --param  large-function-growth=100000 -Wall -fpermissive

# 替换
CXXFLAGS = -O3 -DNDEBUG -W -pipe -Wundef -Winline --param large-function-growth=100000 -Wall

Utilities.hpp中添加#include <limits.h>

第4章 生物信息